Epätarkan ilmaisun ”kutakin äännettä vastaa tasan yksi kirjain” asemesta kielitieteessä käytetään yleensä ilmaisua ”kutakin foneemia vastaa tasan yksi merkki”. Foneemi tarkoittaa äännettä sellaisena käsitteenä, että ei kiinnitetä huomiota edellä mainittuihin äänteiden eroihin, jotka riippuvat äänteen lähellä olevista muista äänteistä tai yksilöllisestä tms. vaihtelusta. Foneemi voidaan siis käsittää joko joukoksi samantapaisia äänteitä tai äänteen hahmoksi tai ideaksi, joka saa eri tilanteissa erilaisia toteutumia. Niitä erilaisia äänteitä, jotka edustavat samaa foneemia, kutsutaan sen allofoneiksi. Esimerkiksi sanojen kerä ja kera e-vokaalit ovat kyllä erilaisia, mutta edustavat samaa foneemia, jota kielitieteessä merkitään yleensä symbolilla /e/. Toisaalta vaikka m- ja n-äänteet ovat melko lähellä toisiaan ja joissakin tilanteissa ikään kuin sulautuvat toisiinsa, ne edustavat kahta eri foneemia, koska on sanoja, vieläpä monia sanoja, joissa m:n ja n:n ero on kahta sanaa toisistaan erottava ilmiö, esimerkiksi sanapareissa naali ja maali taikka kana ja kama . Olennaista siis on, että foneemin vaihtaminen toiseen voi muuttaa sanan merkityksen kun taas foneemin muunnelman, allofonin, vaihtaminen toiseen ei niin tee.
Foneemin täsmällinen määrittely on kuitenkin hankalaa. Tätä kuvastaa se, että foneemille esitetään tietosanakirjoissa sentapaisia melko ylimalkaisia määritelmiä kuin ’kielen pienin merkityksiä erottava äänneyksikkö’.
Kielessä on myös foneemeihin rinnastuvia ilmiöitä, sanojen piirteitä, jotka ikään kuin tulevat foneemijonon ”päälle” ja saattavat muuttaa sen merkitystä. Kohdassa Säännöllisyys laajempana käsitteenä mainittiin, että tällaisia suprasegmentaalisiksi piirteiksi kutsuttuja ilmiöitä ovat suomen kielessä etenkin sivupaino ja tavujako. piilevä ilman sivupainoa on toki eri sana kuin siten lausuttuna, että le-tavulla on sivupaino, jolloin kyseessä on yhdyssana. (Monissa muissa kielissä painon merkitystä muuttava luonne on paljon keskeisempi ja koskee pääpainoa.) Molemmat ovat mukana esimerkiksi siinä, että yhdyssana veronalainen ääntyy eri tavalla kuin nimestä Verona johdettu sana veronalainen; tavurajan ja samalla yhdysosien rajan sijainti lienee tässä tapauksessa vähemmän selvästi havaittava ero kuin sivupainon sijainti (se, onko sivupaino tavutta a vai tavulla lai). Muiden kielten foneemeihin rinnastuvista piirteistä mainittakoon vielä sävelkulku (musikaalinen aksentti), jolla on hyvin tärkeä merkitys mm. kiinassa. Mainitunlaiset piirteet on syytä ottaa huomioon kirjoitusjärjestelmän tarkastelussa, vaikka ne ovatkin erilaisia ja eri tavalla kirjoituksessa esitettäviä asioita kuin varsinaiset foneemit.
On johdonmukaista tehdä kirjoitetun kielen tarkastelussa samantapainen ero kuin äänteiden ja foneemien ero. Kirjainmerkkien välillä voi olla mitä erilaisimpia eroja, mutta eroilla ei useinkaan ole vaikutusta sanojen merkitykseen. Niinpä onkin syytä puhua grafeemista, joka tarkoittaa joukkoa samantapaisia kirjaimia, joiden vaihtelulla ei ole periaatteellista vaikutusta sanojen merkitykseen. Onhan merkityksen kannalta samantekevää, minkätyylisiä kirjapainotekstin kirjasimia, käsinkirjoitetun tekstin kirjaimia tms. käytämme, kunhan lukija ymmärtää, mitä ”kirjaimen hahmoa” (grafeemia) tarkoitamme.
Kuitenkin versaalin ja gemenan eli isojen ja pienten kirjainten ero on kirjoitusjärjestelmään kuuluva asia. Puhutun kielen sanasta itsestään ei voi päätellä, aloitetaanko se versaalilla; samaa puhuttua sanaa voi vastata kirjoitettu asu karhu tai (sen ollessa erisnimi tai virkkeen alussa) Karhu.