Kuten F-kirjaimen tarinassa mainittiin, kreikan ypsilon Υ kehittyi wau-kirjaimesta 𐤅. Ypsilon lainautui – ehkä valmiiksi V:n tapaisessa muodossa – latinaan V-kirjaimeksi, joka toimi u- ja v-äänteen merkkinä. Myöhemmin, 1. vuosisadalla eKr., ypsilon lainautui uudestaan kreikasta latinaan. Syynä on lisääntynyt Kreikan kulttuurin tuntemus ja harrastus sivistyneiden roomalaisten keskuudessa. He omaksuivat kreikasta lainasanoja, joita he pyrkivät ääntämään kreikan mukaan. Tällöin lainautui myös y-äänne ja sen merkiksi Y-kirjain.
Aluksi y:tä käytettiin latinassa vain kreikkalaisissa lainoissa, ja niissäkin se usein todennäköisesti luettiin u:ksi ainakin arkipuheessa. Tähän viittaavat mm. kirjoitusasut, joissa on y:n tilalla u.
Gemena-y kehittyi keskiajalla versaalimuodosta siten, että kirjain ruvettiin kirjoittamaan alemmas ja piirtämään kahdella vedolla kolmen sijasta, jolloin alaosa muodostui samansuuntaiseksi kuin oikea ylähaara.
Jo antiikin ajan latinassa y-äänne alkoi muuttua i:ksi. Tätä osoittaa sellainen kirjoitusasun vaihtelu kuin lacryma ∼ lacrima. Myöhemmin y ruvettiin kokemaan vain i:n hienommaksi merkiksi, ja alkuperäisiin latinalaisiinkin sanoihin saatettiin kirjoittaa y, esimerkiksi silva ∼ sylva.
Latinasta polveutuvissa eli romaanisissa kielissä kuten ranskassa ja espanjassa y:n ääntämys on muuttunut i:ksi. Tosin joissakin sanoissa y:tä saatetaan käyttää myös j:n merkkinä. Vastaava tilanne on monissa muissakin kielissä. Englannin kielessä asiaan tuo oman lisänsä se, että y on usein tarkoittanut pitkää suppeaa i-äännettä, joka englannin suurissa äänteenmuutoksissa muuttui ai-diftongiksi (esimerkiksi sanassa why).
Monissa nykykielissä y-kirjain onkin vain i:n tai joskus j:n merkki, jota käytetään kreikkalaisperäisissä sanoissa. Usein sen nimityskin tarkoittaa ’kreikkalainen i’. Ymmärrettävistä syistä se on usein korvautunut i-kirjaimella.
Koska mm. englannissa y yleensä ääntyy vokaalin edellä (esimerkiksi sanassa yes) j:nä, on y:llä tämä äännearvo varsin monissa siirtokirjoituksen järjestelmissä. Tällöin j-kirjainta ei käytetä tai sen äännearvo on englannin mukaisesti [ʤ] (suunnilleen suomen oikeinkirjoituksen dž). Myös uudehkoissa kirjoitusjärjestelmissä, joita eri kielille on luotu, on saatettu omaksua samanlainen käytäntö. Niinpä turkissa y tarkoittaa aina j-äännettä, kun taas y-äänteen merkki on ü.
Venäjän siirtokirjoitusjärjestelmissä y tarkoittaa yleensä ns. taka-i:tä (oikeastaan keski-i:tä) kyrillisen kirjaimen ы vastineena. Suomalainen yleensä lukee sen y-äänteenä, mikä on äänteellisesti aika väärin mutta ei juuri aiheuta ymmärtämisongelmia, varsinkaan kun venäjässä ei ole y-äännettä.
Puolan kielessä y-kirjain tarkoittaa vokaalia, joka on jonkin verran väljempi kuin i-äänne ja IPA-merkillä ilmaistuna [ɪ].
Saksan kielessä y esiintyy vain lainasanoissa. Saksassa normaali y-äänteen merkki on ns. saksalainen y eli treema-u, ü.
Suomessa käytetyssä muinaiskreikan siirtokirjoituksessa sekä kreikasta lainautuneissa sanoissa on kreikan ypsilonin (Υ, υ) vastineena yleensä y-kirjain, paitsi vokaalin jäljessä u-kirjain. Kuitenkin omikronin ja ypsilonin yhdistelmän ου vastineena on suomalaisen standardin mukaan u (tai ū), joskin käytännössä ranskan ja englannin esikuvan mukainen ou on varsin tavallinen. Nämä siirtokirjoitustavat vastaavat todennäköisesti melko hyvin muinaiskreikan ääntämystä.
Niinpä esimerkiksi kreikan sana ὔβρις, jolla on haluttu kuvata ihmisen röyhkeää ylpeyttä, kirjoitetaan suomalaisen siirtokirjoituksen mukaan hybris. Englannissa se kuitenkin kirjoitetaan yleensä hubris, koska englannissa ei ole y-äännettä. Y-kirjain ääntyisi englannissa tällaisessa sanassa i:nä, mutta u-kirjaimella on tarkoitus kuvata u-äännettä, jonka ajatellaan olevan sopivampi vastine.
Englannista suomeen käännetyissä teksteissä saattaa tämän takia esiintyä hubris-tyyppisiä asuja.
Mittayksikön etuliitteen tunnuksena Y tarkoittaa kvadriljoonalla kertomista, y taas kvadriljoonalla jakamista. Ne vastaavat englannissa etuliitteitä yotta- ja yocto-, suomessa etuliitteitä jotta- ja jokto-. Kvadriljoona on miljoonan neljäs potenssi eli 1024 = 1 000 000 000 000 000 000 000 000. Ymmärrettävästikin kyseiset etuliitteet ovat erittäin harvinaisia. Joillakin fysiikan aloilla niille on kuitenkin järkevää käyttöä. Esimerkiksi Maapallon massa on noin 5 960 jottagrammaa (Yg). Nämä etuliitteet ovat varsin keinotekoisia. Ne selitetään johdetuiksi kahdeksaa tarkoittavista italian sanasta otto ja latinan sanasta octo sillä perusteella, että kyseessä ovat kahdeksannet etuliitteet sarjoissa k, M, G, T, P, E, Z, Y ja m, µ, n, p, f, a, z, y.
Matematiikassa y esiintyy usein yhdessä x:n kanssa muuttujan symbolina; usein niiden seurassa on myös z. Ks. X:n tarinaa. Usein y tarkoittaa ns. riippuvaa muuttujaa, x riippumatonta, kun tarkastellaan suureiden riippuvuutta toisistaan. Erityisesti y-akseli tarkoittaa suorakulmaisen koordinaatiston pystysuoraa akselia, joka on kohtisuorassa x-akselia vastaan.
Y-kromosomi tarkoittaa miespuolista sukupuolikromosomia; ks. X:n tarinaa.
Y-kirjaimesta on kehitetty jenin symboli ¥. Se tarkoittaa sekä Japanin rahayksikköä jeniä (japaniksi yen) että Kiinan rahayksikköä juania (kiinaksi yuán).