Sellaisten latinalaisperäisten sanojen kuin koordinaatio ääntämys ja kirjoituskin on vaihdellut. Latinassa niiden alussa on etuliite co, ja jos seuraa o, vokaalit ääntyvät erikseen, eivät pitkänä vokaalina. Aiemmin käytettiin suomessa sellaisia asuja kuin ko’ordinaatio ( mm. M. Airilan kirjassa Vierasperäiset sanat, 1945), nykyisin taas joskus ko-ordinaatio, joka vastaa sitä, miten vierasperäisissä sanoissa yleensä käytetään yhdysmerkkiä kahden identtisen vokaalin välissä. Tilanne kuitenkin vakiintui sellaiseksi, ettei o-kirjainten välissä ole mitään merkkiä. Tämä on kyllä todettu epäjohdonmukaiseksi Kielikellon 4/2023 artikkelissa Kooperatiivinen ja anti-inflammatorinen.
Ääntämisohjeissa on kuitenkin ollut vaihtelua. NSK:n ohje on ”[ko-o-]”, NSSK:n ”[kōr- t. ko-o-]”, samoin PSK:n, mutta KSK:ssa ei ole mitään ohjetta, mikä on tulkittava niin, että äännetään kirjoitusasun mukaan, siis pitkällä o:lla, mikä vastaa vallitsevaa tilannetta (ja edellä mainitun artikkelin kuvausta). Tämä koskee sanoja koordinaatio, koordinaatisto, koordinaatta, koordinaatti, koordinaattori, koordinoida, koordinoija, koordinointi.
Sen sijaan kooperaatio ääntyy kaikkien mainittujen lähteiden mukaan yhdyssanatyyppisesti [ko-ordinaatio]. Tosin edellä mainittu Kielikellon artikkeli sanoo, että niin äännetään ”yleensä”.