Muodollisesti voimassa on kielilautakunnan vuonna 1957 antama suositus, jonka mukaan käytetään siirtokirjoitusta, joka poikkeaa kansainvälisestä Hepburnin järjestelmästä eli hebonshikista seuraavasti: ch:n tilalla on tš, j:n tilalla dž, sh:n tilalla š, w:n tilalla v ja y:n tilalla j tai i.
Käytännössä kyseistä suositusta tuskin missään enää noudatetaan ainakaan järjestelmällisesti. Se kuitenkin mainitaan muun muassa Uuden kielioppaan 1. painoksessa, joka julkaistiin vuonna 2000. Tosin se toteaa, että suositusta ”voidaan edelleen noudattaa” ja että ”tuntuu mahdolliselta käyttää rinnakkaisjärjestelmänä hebonshikiakin”. Vuoden 2007 painoksesta kuvaus japaninkielisten sanojen kirjoittamisesta on poistettu, mutta hakemistossa on mm. vanhat suosituksen mukaiset asut Hirošima, Honšu ja Jokohama (vielä 4. painoksessa v. 2011).
Kielikellon 1/2007 artikkeli Uusien vierassanojen kirjoitusongelmia viittaa sekin hebonshikin noudattamisen suuntaan: ”Esimerkiksi Japanin paikannimissä ovat eläneet rinnan hattu-s ja sh: saaren nimi Kiušu ja Kyushu; nykykäytäntö on kuitenkin sh:n kannalla.” Esimerkkinimi olisi kuitenkin jäljempänä mainittavan ohjeen mukaan kirjoitettava pituusmerkkejä käyttäen: Kyūshū.
Toisaalta japanista lainattuja sanoja voidaan käsitellä joko sitaattilainoina, jotka kirjoitetaan siirtokirjoitettuina, tai varsinaisina lainasanoina, jotka kirjoitetaan suomen järjestelmän mukaan. Tämä selittää sellaiset vaihtelut kuin geisha ∼ geiša ja teriyaki ∼ terijaki. Kielitoimiston sanakirjassa geisha ja teriyaki ovat varsinaisina hakusanoina; geiša ja terijaki mainitaan rinnakkaismuotoina. Edellä mainittu Kielikellon artikkeli näyttäisi esittävän, että hebonshikia voidaan käyttää ajattelematta, onko kyseessä sitaattilaina vai varsinainen lainasana: ”Kansainvälisistä syistä japanilaislainoihin voisi siis suosittaa englannin oikeinkirjoitukseen pohjautuvaa kirjoitustapaa, ns. Hepburnin translitteraatiota (hebonshiki), jonka mukaisesti sh olisi suositeltava hattu-s:n ohessa tai sijasta. Samoin voi kirjoittaa y:n j:n sijasta esimerkiksi sanoissa teriyaki (terijaki, ’eräs marinointikastike ja sitä sisältävä ruokalaji’) – –.”
Myös joissakin erisnimissä on vastaavaa vaihtelua, esimerkiksi Yokohama ∼ Jokohama.
KOP:n sivu Japaninkieliset nimet sisältää yksiselitteisen ohjeen eikä edes mainitse muita vaihtoehtoja: ”Japanilaiset nimet kirjoitetaan Hepburn-järjestelmän mukaisesti, esimerkiksi Michiko Shoda, Hayao Miyazaki, Shinzō Abe.” Tosin tarkemmassa kuvauksessa tähän liittyy sana ”tavallisesti”.
Kuten viimeisestä esimerkistä ilmenee, KOP:n ohjeen mukaan pitkä o merkitään o-kirjaimella, jonka päällä on pituusmerkki eli vaakaviiva (ō). Se on yksi monista pitkän o:n merkintätavoista Hepburnin järjestelmän eri muunnelmissa, ja se on ollut melko harvinainen; useammin käytetään tavallista o-kirjainta. Ohjekaan ei yksiselitteisesti vaadi pituusmerkkiä, vaan se vain kuvaa: ”Pitkä vokaali merkitään yleensä vokaalin ylisellä pituusmerkillä. Pitkää e:tä merkitään sen sijaan tavallisesti kirjainyhdistelmällä ei.”
Ohje mainitsee seuraavat sovinnaisnimet, tavalla, joka voidaan tulkita jopa niin, että vain ne ovat käytössä: Iwo Jima, Japani, Jokohama, Kioto, Riukiusaaret, Tokio.
Kielikellon 4/2015 artikkelissa Japanilaisten nimien kirjoittaminen ja ääntäminen viitataan edellä mainittuun KOP:n ohjeeseen. Artikkelissa sanotaan: ”Suomen kielessä, kuten useimmissa muissakin eurooppalaisissa kielissä, nimet latinaistetaan Hepburnin järjestelmällä.” Se on täysin sama kuin KOP:n ohjeen virke ilman tavallisesti-sanaa.