Yhdysmerkkiä käytetään muuhunkin kuin yhdyssanan osien erottamiseen toisistaan. Siksi yhdysmerkistä ei voi päätellä varmasti, että kyseessä on sana, joka on lausuttava yhdyssanana.
Jos rivi päättyy yhdysmerkkiin, ei kirjoitusasusta ilmene, onko kyseessä sanaan kuuluva yhdysmerkki (kuten sanassa raha-asia) vai sanan eri riveille jakamista osoittava tavuviiva. Tämä voi vaikuttaa ääntämiseenkin: jos rivin lopussa on pii- ja seuraavan rivin alussa levä, emme voi tietää lause- ja asiayhteyttä tutkimatta, onko kyseessä piilevä vai pii−levä, vaikka olettaisimme, että tekstissä on käytetty yhdysmerkkiä kaikissa yhdyssanoissa, jotka muuten voitaisiin lukea väärin.
Yhdysmerkkiä käytetään joskus kuvaamaan, että puhuja ääntää pitkän vokaalin venytettynä, yleensä kaksitavuisena (esimerkiksi jaa-a, taikka änkyttäen toistaa tavuja tai tavunalkuja (esimerkiksi vo-vo-voisinkohan). Vaikka on yleensä selvää, että kyseessä ei ole yhdyssana, voisi yhdysmerkkejä liian yksioikoisesti käsittelevä ohjelma tulkita toisin.
Tämä ei välttämättä olisi ongelma puhesynteesissä, sillä tällaisia yhdysmerkkejä sisältävät sanat lausuttaneen yleensä yhdyssanan tapaan. Ehkä ne lausutaan jopa sanaliittoina, jolloin sellaiset kirjoitusasut kuin jaa a ja vo vo voisinkohan kuvaisivat ääntämystä.