Puhutun kielen tutkimus ja pelkkä tarkkaavainen kuunteleminenkin paljastaa, että äänteissä on hyvin paljon sellaista vaihtelua, jota kirjoitus ei kuvasta. Jokaisella meistä on oma puhe- ja ääntämistapamme, ja eri tilanteissa puhumme eri tavoin. Esimerkiksi r-, l- ja s-äänteissä on paljon yksilöllistä vaihtelua – samoin kuin mielen ja ruumiin tilastakin johtuvaa vaihtelua, joka ei välttämättä haittaa ymmärtämistä mitenkään. Ymmärtämisvaikeuksia syntyy vasta, jos lapsi tai puhevikainen ääntää r:n ja l:n niin samantapaisina, että ne sekoittuvat toisiinsa. Sen sijaan ei ymmärtämistä häiritse, jos joku ääntää s:n sihahtaen, suhauttaen tai vaikkapa soinnillisena.
Sanan kokonaisrakenne vaikuttaa siihen, miten sen osat ääntyvät. Erityisesti tämä koskee vokaalien pituutta. Sanoissa saada ja saamattomuudessaan on kummassakin ensimmäisessä tavussa pitkä a-äänne, mutta pituus on suhteellista: pitkässä sanassa pitkät vokaalit ovat lyhyempiä kuin lyhyissä. Voi jopa olla, että sanan saamattomuudessaan pitkät a-äänteet ovat kellolla mitatulta kestoltaan lyhyempiä kuin sanan saada lyhyt a-äänne. Vokaalin pituus ajallisen keston mielessä on jatkuvalla asteikolla mitattava suure kuten aika yleensäkin, ja kielenpuhujien kyky tunnistaa vokaali ”lyhyeksi” tai ”pitkäksi” perustuu monimutkaisiin tiedostamattomiin tapahtumiin ihmisen mielessä. Lisäksi kieliopillisesti erilaisia vokaalien pituuksia on eri kielissä eri määrät, esimerkiksi suomessa kaksi, nykykreikassa yksi, virossa kolme.
Äänteisiin vaikuttaa myös se, millaisten muiden äänteiden yhteydessä ne esiintyvät. Sanassa kala on erilainen k-äänne kuin sanassa kerä, ja sanassa kerä on erilainen e-äänne kuin sanassa kera. Ensimmäisessä tapauksessa k:n jälkeisen vokaalin laatu vaikuttaa k-äänteeseen, ja toisessa tapauksessa e-vokaalin laatuun vaikuttaa koko sanan etu- tai takavokaalisuus. Yhdistelmässä sr r-äänne on varsin erilainen kuin muutoin: se ei äänny normaalissa ääntämispaikassaan, joka on suunnilleen sama kuin s:n, vaan kielen kärki kaartuu taaksepäin. Vielä mainittakoon, että suomessa on hyvin erilaisia h-äänteitä sen mukaan, millaiseen vokaaliin äänne liittyy tai seuraako sitä konsonantti. Koska erot kuitenkin riippuvat äänneympäristöstä eivätkä voi erottaa sanoja toisistaan, niistä yhteisesti puhutaan ”h-äänteenä” ja niitä merkitään samalla kirjaimella.
Suomen kielen kirjoituksessa ei toki ole tarpeen esittää näitä eroja, mutta erot ovat silti todellisia. Äidinkielen opetuksessa niihin ei juurikaan kiinnitetä huomiota eikä yleensä tarvinnekaan, mutta suomea vieraana kielenä opetettaessa tilanne on toinen, varsinkin siinä vaiheessa, kun pyritään luonnolliselta kuulostavaan ääntämykseen. Vaihtelulla on merkitystä myös puhesynteesissä eli tietokoneella tehtävävää kirjoitetun kielen muuntamista äänimuotoon.
Puheessa on siis lukematon määrä erilaisia äänteitä. Filosofien pohdittavaksi jääköön, onko niitä jopa ääretön määrä ja onko jokainen äänne, jonka tuotamme, jossakin mielessä ainutlaatuinen. Käytännön tilanne on joka tapauksessa se, että mikään ajateltavissa oleva kirjoitusjärjestelmä ei voi esittää kaikkia äänteiden eroja. Kielitieteessä käytetty ns. foneettinen kirjoituskin kuvaa puhetta vain likimääräisesti.