Varsin tavallinen kielellinen ilmiö on assimilaatio eli äänteiden osittainen tai täydellinen samanlaistuminen. Esimerkiksi sellaisessa äänteellisessä yksinkertaistumisessa kuin traktori → rattori k-äänne assimiloituu täysin seuraavan t:n kaltaiseksi ja syntyy kaksoiskonsonantti tt. Useinkaan tätä ilmiötä ei huomata, koska se on sulautunut osaksi kielen järjestelmää ja koska se näkyy myös kirjoituksessa. Esimerkiksi sellainen taivutussuhde kuin piirtää : piirrän selittyy sillä, että aiemmin t-äänne oli astevaihtelussa siten, että heikossa asteessa sitä vastasi d:n tapainen äänne, siis suunnilleen piirtää : piirdän, mutta myöhemmin kyseinen äänne assimiloitui samanlaiseksi kuin edeltävä r-äänne.
Jos puheessa tapahtuvaa assimilaatiota ei kuitenkaan osoiteta kirjoituksessa, ilmiö on näkyvämpi. Sellainen periaate, että n-äänteen assimiloitumista m:ksi ei osoiteta -pa-liitteen edellä, siis esimerkiksi sanassa olenpa, merkitsee foneemiperiaatteen kannalta mielivaltaista sääntöä, joka rasittaa kirjoittajan muistia. (Kyseessä on ns. osittainen assimilaatio: n ei muutu p:n kaltaiseksi kokonaan vaan vain ääntämispaikan suhteen, siis huulilla äännettäväksi eli labiaaliseksi, jolloin tuloksena on m.)
Nykyisessä kirjoitusjärjestelmässämme on yleisenä sääntönä, että assimilaatiota ei osoiteta silloin, kun sanan viimeinen äänne assimiloituu kokonaan tai osittain seuraavan äänteen kaltaiseksi. Tämä koskee paitsi sellaista tilannetta, jossa sanat ovat erillisiä (esimerkiksi olen poissa), myös liitepartikkeleita kuten -pa (esimerkiksi olenpa) sekä yhdyssanoja (esimerkiksi kalanpala).
Merkitsemättömyyssääntö ei koske tapahtumia sanan ja taivutuspäätteen tai johtimen rajalla. Siinä tosin ei esiinnykään varsinaista assimilaatiota, mutta kylläkin sitä jossain määrin muistuttavaa vaihtelua. Esimerkiksi superlatiivimuodon taivutuksessa esiintyy sellaista kuin isoin : isoimpana, joka voi vaikuttaa siltä, että n-loppuisen sanaan on lisätty jotain p:llä alkavaa ja n on silloin muuttunut m:ksi. Tästä ei ole kyse, mutta voi siis tuntua siltä. Sanan ompi tapauksessa pi on kyllä taivutuspääte (vrt. vanhoihin muotoihin saapi, voipi); sanan kirjoitusasu onkin erikoisuus.
Varsinkin liitepartikkelien yhteydessä tehdään usein virheitä, sillä on hankalaa ymmärtää, miksi on kirjoitettava onpa, mutta ompi. Esiintyy myös ylikorrekteja kirjoitusasuja varsinkin komparatiivin päätteessä: kun on opittu, ettei saa kirjoittaa ääntämyksenmukaisesti ompa vaan onpa, niin sitten ajatellaan, että ollaanpa oikein fiinejä ja kirjoitetaan parenpi.
Miksi assimilaatiota ei osoiteta kirjoituksessa? Perusteluksi esitetään yleensä, että sama sana kirjoitetaan samalla tavoin äänneympäristöstä riippumatta. Voi kysyä, miksi niin pitäisi olla, jos sana kuitenkin ääntyy selvästi eri tavoin? Nykyisin yksi peruste voisi olla se, että tekstinkäsittelyssä halutaan melko usein vaihtaa sanojen järjestystä. Tämä on tietysti paljon helpompaa, jos sanojen asu ei tällöin muutu. Myös sanan kaikkien esiintymien hakeminen tekstinkäsittelyjärjestelmän välineillä olisi helpompaa, mutta asian merkitystä vähentää huomattavasti se, että ongelmaksi jää silti, että sana voi esiintyä hyvin monissa taivutusmuodoissa.
Kirjoitetun kielen kielioppi on yksinkertaisempi, jos sanotaan esimerkiksi, että yksikön genetiivin pääte on aina n, sen sijaan, että sanottaisiin puhutun kielen todellisuuden mukaisesti, että se voi olla myös muun muassa m tai äng-äänne.
Assimilaation osoittamista kirjoituksessa puoltaisi seuraava käytännöllinen seikka: jos tekstiä riveille jaettaessa rivin loppuun tulee sana tai sanan osa, jonka viimeinen kirjain äännettäessä assimiloituu, niin ääneen luettaessa lukija joutuu kurkistamaan seuraavan sanan alkuun voidakseen ääntää luontevasti. Jos rivin viimeinen sana on vaikkapa pojan, niin vasta seuraavan rivin alku kertoo, miten se tulee lukea. Tämä tietysti hidastaa lukemista ja tekee sen töksähteleväksi.
Nykyistä kirjoitusasua voi puolustella sillä, että esimerkiksi äänneasu pojan on siinä mielessä poika-sanan yksikön genetiivin normaalimuoto, että kyseinen muoto yksinään esiintyessään on juuri pojan. Sanan esiintyminen yksinään on kuitenkin erikoinen tapaus eikä sanan tavanomaista käyttöä. Sanan esiintyminen tauon tai vokaalialkuisen sanan edellä puolestaan on kyllä melko yleistä, mutta vain yksi monista mahdollisista esiintymisyhteyksistä. Vahvempi peruste sen sijaan on se edellä mainittu seikka, että kielen kuvausta yksinkertaistaa muotojen esittäminen esimerkiksi muunnelmina teemasta pojaN, missä N on erityinen symboli, joka eri tilanteissa edustuu eri konsonantteina.
Assimilaatiossa esiintyy kyllä vaihtelua. Kirjoitusasua pojanpa tuskin voi luontevasti lukea muuten kuin pojampa, mutta yhdyssanan pojanpoika voi lukea niin, että siinä ääntyy n, samoin sanaliiton pojan pallo. Mutta yleensä n assimiloituu p:n edellä m:ksi, ellei välissä ole selvää taukoa. Jos kirjoitettaisiin foneemiperiaatteen mukaisesti, niin kirjoitusasu pojan pallo olisi mahdollinen, jos haluttaisiin viestiä, että ensimmäinen sana todella ääntyy pojan, esimerkiksi siksi, että se on painokas tai sitä seuraa tauko.
Assimilaation merkitsemättömyyttä voi täten perustella sillä, että kirjoituksessa esitetään sanan yksi mahdollinen muoto, jonka loppukonsonantti voi assimiloitua. Teksti voidaan täten lukea eri tavoin, kun taas kirjoitusasu pojam pallo tuntuisi kiinnittävän ensimmäisen sanan loppuäänteen m:ksi.
Jos assimilaatiotapaukset kirjoitettaisiin foneemiperiaatteen mukaisesti, joutuisimme muuttamaan kielioppeja seuraavasti: Sellaiset päätteet, joissa nykyisen kirjoitustavan mukaan on viimeisenä n, ovat itse asiassa äänneympäristön mukaan vaihtelevia päätteitä. Esimerkiksi poika-sanan yksikön genetiivillä on useita muotoja:
Puhekielessä ut- ja yt-loppuisten partisiippien loppuäänne assimiloituu varsin yleisesti. Esimerkiksi mennyt pois ääntyy [mennyp pois]. Kyse on loppukahdennukseen rinnastuvasta ilmiöstä, vaikka nykyiset kirjoitustavat asian hämärtävätkin. Kun kirjoitusasu on vene, mutta mennyt (taikka puhetta erityisesti kuvailevassa kirjoituksessa menny’ tai menny), jäänee useimmilta huomaamatta, että sanoissa esiintyy hyvin samanlainen ilmiö. Ainoa periaatteellinen erohan on se, että tauon tai vokaalin edellä vene ääntyy vokaaliloppuisena, mutta mennyt voi ääntyä joko vokaaliloppuisena taikka huolitellussa puheessa myös t voi ääntyä.
Kun kuvataan (todellista tai kuvitteellista) murteellista tai arkikielistä puhetta, on parasta kirjoittaa ääntämyksen mukaisesti, myös assimilaation osalta, esimerkiksi Se om mennyp pois jonnekki. Jos näin ei menetellä, syntyy outoa sekakieltä kuten Se on mennyt pois jonnekin, jossa on puhekielelle tyypillisesti se ihmistä tarkoittamassa, mutta jatko on leimallisesti kirjakielinen.