Kuten luvussa 2 kuvattiin, latinaa kirjoitettiin alun perin versaalikirjaimilla. Nykyisin latinaa kirjoitetaan samaan tapaan kuin nykykieliäkin, käyttäen versaalia yleensä vain virkkeen ja erisnimen alussa.
Latinaa kirjoitetaan latinalaisin perusaakkosin a–z. Kirjain w esiintyy vain uuslatinassa erisnimissä, jotka on mukautettu latinankieliseen muotoon.
Kuitenkin käytetään usein treemaa e:n päällä (ë, esimerkiksi aër ’ilma’) osoittamassa, että e ääntyy erikseen eikä yhdessä edeltävän a:n tai o:n kanssa. Muutoin yhdistelmät ae ja oe ääntyvät joko pitkänä e:nä tai (enemmän klassista ääntämystä tavoiteltaessa) diftongeina ai ja oi (tai jopa diftongeina ae ja oe). Tämän osoittamiseksi ne saatetaan kirjoittaa ligatuurin tavoin kirjaimilla æ ja (harvoin) œ. Tätä tapaa käytetään varsinkin latinan sanojen tai latinalaisperäisten sanojen hiukan vanhahtavassa kirjoitustavassa brittienglannissa, esimerkiksi encyclopædia, Cæsar.
Eläin-, kasvi- ja muiden eliölajien tieteelliset nimet kuten Homo sapiens ovat muodoltaan latinaa, ja niitä usein sanotaankin latinalaisiksi nimiksi. Niiden aineksista kuitenkin noin puolet on otettu muinaiskreikasta ja merkittävä osa nykykielistä. Tieteellisten nimien kirjoitussääntöjen mukaan nimissä ei käytetä muita tarkkeita kuin treema e:n päällä silloinkaan, kun sana on johdettu erisnimestä, jossa on tarke. Esimerkiksi Ranskan presidentin Jules Grévyn mukaan.nimetyn seepralajin, grévynseepran, tieteellinen nimi on Equus grevyi ilman tarketta.
Toisaalta käytetään eräitä ääntämystä osoittavia tarkkeita mm. latinan sanakirjoissa, kieliopeissa ja oppikirjoissa samoin kuin esitettäessä tieteellisiä nimiä esimerkiksi kasviopin kirjoissa. Nämä tarkkeet eivät kuulu itse latinan kirjoitukseen, vaan ne ovat verrattavissa sanan jälkeen annettavaan erilliseen ääntämisohjeeseen:
Pituusmerkkiä ja akuuttia voidaan käyttää yhdessäkin, esimerkiksi bonṓrum. Tämä tuottaa usein isoja teknisiä ongelmia, koska kaikki tällaiset yhdistelmät eivät edes kuulu Unicodeen erillisinä merkkeinä vaan ne on muodostettava ns. yhdistyvien tarkkeiden avulla, jolloin ulkoasu on usein typografisesti huono.
Latinassa esiintyy kirjainyhdistelmiä ch, ph, rh ja th lähinnä kreikkalaisperäisissä lainasanoissa. Niiden ääntämys on vaihdellut ja osittain kiistanalainen, mutta kaikissa tilanteissa kukin niistä on syytä tulkita yhden äänteen merkiksi, jota ei saa jakaa. Esimerkiksi tieteellisen nimen Platyrhynchos hyväksyttävät jakokohdat ovat: Pla-ty-rhyn-chos.