Jotkin ohjelmat luovat automaattisesti alihakemistoja, tavallisesti käyttäjän kotihakemistoon. Yleensä niistä ei tarvitse välittää eikä niihin ole syytä koskea.
Kerromme kuitenkin uteliaille aiheesta hiukan esimerkin avulla.
Esimerkkinä on Pine-ohjelma.
Se perustaa käyttäjän kotihakemistoon alihakemiston, jolle se antaa
nimen mail.
Sinne Pine perustaa tiedostoja, jotka vastaavat Pinen kansioita
(folders) kuten lähetettyjen meilien kansio sent-mail.
Käyttäjä voi katsella mail-hakemistonsa sisältöä
tavallisilla komennoilla, esim. ls mail.
Yleensä siihen ei kuitenkaan ole mitään aihetta, vaan kansioiden
ja niiden sisällön käsittely hoidetaan Pinen sisällä sen omilla
käskyillä.
Toisena esimerkkinä mainittakoon Netscape-ohjelma, joka perustaa
.netscape-nimisen alihakemiston.
Siellä se ylläpitää mm. tiedostoa bookmarks.html,
joka sisältää käyttäjän määrittelemät ns. kirjanmerkit - joita
voi aivan hyvin käyttää tietämättä mitään em. alihakemistosta ja
tiedostosta.