Kun rinnasteisesta yhdyssanasta, jossa on yhdysmerkki, muodostetaan lyhenne, säilytetään vanhojen ohjeiden mukaan yhdysmerkki, esimerkiksi suomalais-ugrilainen → suom.-ugr.. Nykyisten sääntöjen mukaan yhdysmerkin saa jättää pois: suom.ugr.. Tämä on eri muutos kuin se, jonka mukaan yhdysmerkkiä ei käytetä vain sen vuoksi, että alkuosaa on lyhennetty; esimerkiksi sanan toimitusjohtaja lyhennetään nyt toim.joht., ei enää toim.-joht.
On epäselvää, milloin muutos on tapahtunut. Jo Kielikellon 3/1993 ohjeissa pisteen käytöstä on esimerkki suom.ugr. ilman, että yhdysmerkillistä vaihtoehtoa edes mainitaan, toisin kuin uudemmissa ohjeissa. Kuitenkin Osmo Ikolan Nykysuomen käsikirja esittää (3. painoksessa v. 1992 s. 195–196), että ”yhdyssanoissa käytetään yhdysmerkkiä –– jos yhdysosat ovat rinnakkaiset ja samanarvoisia”, ja lisää: ”Myös vastaavissa lyhenteissä: suom.-ugr., hist.-kielit.”